元文都是元则的儿子。他性情耿直,在北周时任右侍上士。隋开皇初年,被任命为内史舍人。炀帝即位后,屡迁至御史大夫,因事而被免职。不久,又被任命为太府卿,在当时很有声誉。大业十二年(616),炀帝前往江都,下诏让文都和段达、皇甫无逸、韦津等人同任东都留守WwW.7gushi.com。炀帝驾崩时,文都和段达、韦津等共同拥戴越王侗当皇帝。越王侗任命文都为内史令、开府仪同三司、光禄大夫、左骁卫大将军、摄右翊卫将军、鲁国公。
不久宇文化及立秦王浩为帝,领兵到达彭城,各地纷纷响应。文都便劝越王侗派使者和李密交通。李密便请求投降,于是,授给李密官爵,以礼接待使者,十分隆重。王世充知道后很不高兴,文都听说后,便暗暗定下杀王世充的计策。越王侗又委任文都为御史大夫,因王世充坚决反对而作罢。卢楚劝文都赶快杀了王世充,文都便带奏书进殿。有人把这件事报告王世充,王世充奔回含嘉城。到夜间,王世充发难,攻进了东太阳门,在紫微观下拜见越王侗,说:“请斩文都,归罪于司寇。”越王侗见王世充兵势兴盛,便派他所任命的将军黄桃树将文都抓出去。文都望着越王侗说“:臣下今晨亡故,陛下也当在晚间及难。”越王侗大哭让人把他带走,身边的人无不十分同情与怜悯,默默无言。当走到兴教门时,王世充传令左右人员用乱刀斩了他,他的几个儿子也同时被害。